DNA e diagnosi tumorale.

Un lavoro tutto italiano, di notevole rilevanza scientifica, con possibilità notevoli nella comprensione e diagnosi dei tumori: Identification of tumor-associated cassette exons in human cancer through EST-based computational prediction and experimental validation. A. Valletti, A. Anselmo, M.Mangiulli, et al Molecular Cancer, Published: 2 September 2010.

Lo splicing alternativo rappresenta un meccanismo di regolazione dell’espressione genica che permette la generazione di trascritti multipli e quindi di più proteine a partire da un singolo gene, attraverso un processo di “taglia e cuci”. I siti di splicing, ossia le regioni del DNA dove avviene questo “taglia e cuci”, possono essere riconosciuti in maniera specifica e dipendono dal tessuto, dallo stadio di sviluppo, dagli stimoli esterni, dallo stress cellulare, o da particolari condizioni patologiche. Recenti studi dimostrano che isoforme alternative possono essere associate a molte patologie tra cui i tumori e svolgere un ruolo importante nella loro patogenesi. È stato dimostrato che circa la metà di tutti gli eventi di splicing alternativo attivo nei tessuti della mammella e dell’ovaio risultano alterati nei tumori e che questa alterazione si traduce in una riprogrammazione tessuto-specifica dello splicing. Ciononostante, lo splicing alternativo può non essere causa diretta di genesi di tumori: aberrante splicing può essere conseguenza di effetti indiretti prodotti dallo stress indotto dalla malattia o essere causato da una cattiva regolazione delle funzioni generali.

La disponibilità di un crescente numero di sequenze trascritte e genomiche rappresenta una sorgente di informazioni essenziale per l’identificazione computazionale dei pattern di splicing alternativo nei geni. In questo lavoro gli autori presentano un’analisi di genome-wide del pattern di splicing alternativo dei geni umani, attraverso metodi computazionali, usando dati disponibili da un database e quantificando i profili di espressione genica. Sono stati identificati dei profili di splicing alternativi normali e tumore-specifici, i quali risultano particolarmente suggestivi come biomarcatori molecolari tumorali nella diagnosi e prognosi o come possibili target terapeutici. L’attendibilità di questi biomarcatori è stata validata analizzando i profili di espressione in pazienti affetti da glioblastoma. Questi risultati forniscono evidenze circa la possibilità di identificare varianti trascrizionali associate ai tumori e rappresentano un promettente biomarcatore tumorale.